>JDBC系でデータ更新すると他のJDBC系の接続ですぐ更新したデータを見れるのに
>JDBC以外の接続から見るとデータが更新されてなかったり(遅れて更新されたり)
>それ以前に、片方が接続していると、もうかたほうの系統が接続できなかったり

サーブレットで JDBC 使ってデータ更新とかしてるってことだと思うけど、
どうやってるの？コネクションプールしてるとか？

とりあえず、オレもサーブレットで InterBase/Firebird 使ってるけど、オレの場合は
コネクションプールとかはしてなくて、HTTP リクエストごとに、
　ＤＢ接続→データ更新→ＤＢ接続切断
のような単純な処理してるけど、ＤＢ接続切断後に IBConsole とか使って確認したりしてるけど、
更新されてないようなことは今までないけどね。（当然のことだと思うが。）

どの時点で見てみて、更新されていない状態になるってこと？
トランザクションコミット後？ＤＢ切断後？
まさかコミット前ってことじゃないよね？

ちなみに当方の環境例）
・Win/Linux + Firebird 1.0SS + Tomcat 3.x/4.0.x + InterClient 2.01 + JDK 1.3.x/1.4.x
・Win + InterBase 5.6 + InterClient 1.6 + Tomcat 3.x (4.0.x) + JDK 1.3.x