P2P掲示板開発PJがあるときいて、初めてvojta、zigumo使ってみました。
結構、いい感じではないかと思いました．

問題は、結局先のことぐらいでしょうか。
自分が疑問に思ったことだけ挙げておきます。
１）セキュリティの問題。
一人一人がサーバーを立てるということなので、セキュリティにはかなり気をつけて欲しいです。
２）複数キャリアの問題
Win、Mac、Unix、携帯など、やっぱり色々に対応したほうがよいでしょう。
３）サポートの問題
普及してもバージョンアップは続けていくのでしょうが、プロトコルの変更など大きな変更も考えられます。
そのとき複数キャリアの場合など、開発の手間が大変かもしれません。
そのためにjava使ってるんだとは思いますが。

今思いつくのはこのぐらいです。
自分もテストぐらいは開発の役に立ちたいと思っています。