>> 143
project 右クリック->property->JavaBuildPathで
javaソースフォルダと、build output folderを
ちゃんと指定してあげればいいのでは?

あと
>> 115
にあるWebSphere Appliacation Studio Developer では
jspの編集、WARファイルの作成・テスト・デバッグなども簡単に行えるように
なっていますよ。