別ウインドウを表示させて親フレームの処理を一時止めておくのって、
どうやればいいですかね？

window.show();

while(true) {
if(inputFlag) {
inputFlag = false;
break;
}
}

とするとシステムごと止まるんですが。
Thread作って無限ループさせてsleep、かなぁ．．．