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むかーし(JDK1.2)同じように悩んで結局
ColumnModelでカラム全削除
DefaultTableModelのsetColumnIdentifiers()で新しいカラム名設定
ColumnModelのgetColumn()でTableColumnを引っ張り出しそれぞれの属性設定
最後にJTableのsizeColumnsToFit(-1)をぶちかます
でカラムのサイズ保持がうまくいったことがあります。
ただ、カラム追加時はテーブルクリアするという仕様に(無理やり)しましたが
(だって値を保持したままカラム追加するの面倒そうだったんだもの)
この問題がクリアできればご要望の機能が実現できるんですがねぇ
なにかの参考になれば