デバック管理ってどの程度のことを言っているのかわからないけど、
リファクタリングって・・・設計段階でそうならないように設計出来ていない事は
論外でしょ。
各クラスの役割さえ明確に設計出来ていれば、部品単位でのデバック管理はいろんな
ツールで管理できるのではないでしょうか？
Unix　とかでは　CVS　というツールなんかメジャーだと聞いているし、
現プロジェクトで使用しているけど、なかなか優れものだと思うけど。