漏れならプロパティ追加して回避する
MsgBoxで「はい」を押したときにTerminateが動いているから大丈夫だと思う
っていうか、Set MyForm = Nothing しなくてもきちんとTerminateは流れるなぁ・・・
まぁ、おまじない程度に考えて、あまり気にしないほうが(・∀･)ｲｲ!
むしろ、Form上の何らかのボタンで画面が閉じられて、MyFormがNothingになったかどうか
IsNothing(MyForm)でﾁﾏﾁﾏ調べるのがﾒﾝﾄﾞｸｾｰと思う

--- Form1.frm ---
Option Explicit
Dim mblnNoExit As Boolean
Public Property Get NoExit() As Boolean
　NoExit = mblnNoExit
End Property
Private Sub Form_Load()
　mblnNoExit = True
End Sub
Private Sub Form_QueryUnload(Cancel As Integer, UnloadMode As Integer)
　If MsgBox("--- 終了 ---", vbYesNo) = vbYes Then
　　mblnNoExit = False
　Else
　　MsgBox "--- 再開 ---", vbCritical
　　Cancel = True
　End If
End Sub
Private Sub Form_Terminate()
　Debug.Print "Terminate"
End Sub

--- Module1.bas ---
Option Explicit
Sub main()
　Dim MyForm As Form1
　Set MyForm = New Form1
　MyForm.Show
　Unload MyForm
　If Not MyForm.NoExit Then
　　Set MyForm = Nothing
　End If
End Sub