たぶん、188さんと同じようなことかもしれないけど、
１ＧＢのファイルを分割してバブルソートしてはどうかな？
たとえば１０ＭＢくらいのファイルを１００個作って番号を振っておく。
まずファイル１と２を読み込んでソート。
２０ＭＢくらいならオンメモリでできるでしょう。
ソート後にファイル１と２に半分づつ書き戻す。
次は、ファイル２と３を読み込んでソート・・・てな具合にやれば出来そうな気が。