こういうことでしょう。多分。

UINT ACK(void *pParam)
{
　．．．
　do {
　　Sleep(10);
　　DioInputWord( InOut, FBIDIO_IN1_16, &InData);
　} while(InData == 1 && !stop_flg)

　if(stop_flg) {
　　stop_flg = TRUE;
　　return 0;
　}
　return 1;
}

作ったスレッドの終了を検知したかったら、WM_USER_XXXを定義して、
それを returnの前にでも PostMessageする。GUIの関数（ダイアログ？）に。
GUI関数側の WindowProcでそのメッセージを捕まえるんだ！