JMFの対応フォーマット一覧
http://java.sun.com/products/java-media/jmf/2.1.1/formats.html

これ以外は追加のCodecが必要みたいだね。
MPEG-4のコーデックはIBM製のがすでにあるんだけど
なんかライセンス上の問題があるようで。。。