実際やってみました。いろいろ適当なプログラムですが

#include <windows.h>
#include <stdio.h>

const int COUNT = 1000;
int main()
{
　　HANDLE hHeap = GetProcessHeap();
　　char* buff;
　　unsigned int start, heap1 = 0, heap2 = 0, crt = 0;
　　int i, j;
　　
　　for (j = 0; j < 100000; j++) {
　　　　start = timeGetTime();
　　　　for (i = 0; i < COUNT; i++) {
　　　　　　buff = HeapAlloc(hHeap, 0, 100);
　　　　　　HeapFree(hHeap, 0, buff);
　　　　}
　　　　heap1 += timeGetTime() - start;
　　　　start = timeGetTime();
　　　　for (i = 0; i < COUNT; i++) {
　　　　　　buff = HeapAlloc(hHeap, HEAP_NO_SERIALIZE, 100);
　　　　　　HeapFree(hHeap, HEAP_NO_SERIALIZE, buff);
　　　　}
　　　　heap2 += timeGetTime() - start;
　　　　start = timeGetTime();
　　　　for (i = 0; i < COUNT; i++) {
　　　　　　buff = malloc(100);
　　　　　　free(buff);
　　　　}
　　　　crt += timeGetTime() - start;
　　}
　　printf(" heap1: %d\n heap2: %d\n crt: %d\n", heap1, heap2, crt);
　　return 0;
}

結果:
heap1: 27816
heap2: 29181
crt: 14736

結局malloc()よりHeapAlloc()の方が約1.9倍遅かったです。
謎なのはHEAP_NO_SERIALIZEをつけた方が遅いって事なんですが。。。ううむ