至極当たり前の工夫だけど、うちの場合。

最近はμITRON以外にWindowsCEも相手にしなきゃならないとかで、
これまではHardwareマターごとにヘッダやライブラリを切り替えていたところに、
OSマターでもヘッダとライブラリを換えるようにしてまする。
OSのシステムコールをラップするライブラリと、タスク（CEではスレッド）メインルーチンがOSマターです。
ロジック部で#ifdefをどこまで減らせるかで、保守性は決まると思ってますが。