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サーバーサイドでマルチプラットフォームこそメリットだ。
スケーラビリティを考慮したシステム構築ができる。

例えば、サーバOS( WEB/APサーバ )を超えて、、、
将来的に技術の革新があっても既存の資産であるコードの
再利用が比較的容易。
JAVAVM上でエミュレートされて動くからOSを選ばない。
（まぁ、互換性の問題もあるが）

それに対して.NETはCLRに依存する。
「一つのソースコードが全てのプラットフォームで実行される
ことは意味ない。」
とMS自体がいってるんだからな。

.NETはOS依存度が高すぎるんだよ。
だからクライアントサイドでは優位でしょ
（windows上なんだから当たり前って話。
ASPメインに使ってるようなとこならまぁ、そんなん関係ないんだろうが。