短くて使いそうなやつ。
file1が目的ファイル。file2がkeyの入ってるファイル
file1からfile2のkey(正規表現可)のどれにもマッチしないものを出力

#!/usr/bin/perl -w
$|=1;

$file = shift or die;
$keyfile = shift or die;

open(FILE, $file) or die;
open(KEY, $keyfile) or die;

@lines = <FILE>;
@keys = <KEY>;
chomp @keys;

foreach $key (@keys) {
　　@lines = grep {!(/$key/);} @lines;
}

print @lines;