マウスモードのチェックをはずしてキーボード操作に戻る時や
マウスモードの時に最小化ボタンをクリックしたりデスクトップのアイコンをクリックすると
ボールが発射されてしまいますね。これは直してほしいところです。

ゲーム画面をクリックすると開始、
ゲーム画面の中だけにマウスの移動範囲を制限するというのはどうでしょうか。
そして一時停止するとマウスの移動制限をなくし、
またゲーム画面をクリックするとマウスの移動範囲を制限し、ゲームを開始する。
このようにすればなんとなく解決する気がします。
ただこれにすると一時停止中でしかマウスモード→キーボードの切り替えができませんが。
あとなんとなく左クリックで開始と一時停止、右クリックでボールを増やすという方が一般的な気がします。恐らく。

とりあえずマウスの移動制限の説明のリンクを。
ttp://www.elixir.co.jp/developer/vb/lib/vb_all.htm