早速のレス有り難う御座います。
コーディングの難度を考えると前者ですか・・。
1.指し手の生成
2.実際に駒を動かす際の部分的な利き手の変更
3.動かす処理
のうち、2がどうしても時間掛かってしまうんで、
1の指し手の作成を極力減らしたいんで、頑張って前者でやってみます。

しかし、反復深化法の場合って同じ局面に遭遇することが何度もあるんですけど、
他の将棋ソフトってその度に指し手作成しているんでしょうか?