俺はJ2EE派。
Webサービスの場でも、基本的にWindows.NET陣営 vs. UNIX Java陣営の構図は変わっていないけど、
Webサービスを普及させる姿勢については両者に大きな違いがあると思う。

　・Windows.NET陣営は、過去の資産（OLE〜ActiveX〜COM+）と技術の断絶を行い、ゼロから全く新規の技術基盤を構築している。
　・UNIX Java陣営は、今までのJava資産からの発展的形態としてWebサービスを機能追加しようとしている。

過去のコンポーネントをそのまま拡張できるかどうかを考えた場合、J2EEのほうが今までの開発者に易しいよね。
MSなんてCOMユーザを全員切り捨てて死刑宣告してしまうような非情な企業だよ。
（COMは.NETからラッピングして使えるけど、あんなもん汎用機のラッピングみたいなもんでしょ）