.NET使う環境がそれしかないんだから、
導入に際してIISの問題を考慮しない奴が何処にいるんだよ。

ピュアに.NETのJ2EEの技術だけを比較する意味って
ユーザーにはそんなあると思えん。

Win環境のデスクトップアプリならそりゃ.NETの勝ちだろうよ。
もしくはローエンドサーバで.NET。ハイエンドでJ2EE。