>>38
フィルタの実装方法は
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/filechooser.html
の"Filtering the List of Files"あたりを参照してみてください。例があります。
もしくはyourSDK/demo/jfc/FileChooserDemo/ExampleFileFilter.javaを参照。
以上、APIdocからの引用です。

たぶんデフォルトのフィルタをremoveしてから、あなたが実装したフィルタをadd
すればいいのではないかと。

以下のメソッドを調べてください。
void JFileChooser.addChoosableFileFilter(FileFilter defaultFilter)
void JFileChooser.removeChoosableFileFilter(FileFilter yourFilter)

現在使用されているフィルタを取得するには
FileFilter[] JFileChooser.getChoosableFileFilters()

・見当違いだったらスマソ(w