計算機によりますが、CとFortranの差は5%程度ですまないことも多いのです。

Cのサブルーチンだと、配列を2つ引数にとったときに、
その2つの配列が重なっている可能性があるために、最適化が制限されます。
並列計算機のアーキテクチャによっては、この制限が致命的になります。

また、整合配列が使えないので、汎用的な行列計算ルーチンを書くのが面倒な
のも大きな欠点です。