岡本さんへ。

IsConsole は、.EXE に "Console モード" のフラグを１ビットつけるだけです。
このフラグがつくと .EXE 起動時にコンソールが開きます。
このフラグはコンパイル/リンク時に確定するものなので、
プログラムがコンソールから呼び出されたかどうかとは関係ありません。

わかったかな？