索引がどういう種類のものかがわかりませんが・・・

> さて、テキストファイルをDBに格納することの
> 是非について、意見をお願いします。

メリット：
　ＷＥＢサーバーが複数台（複数クライアント構成）の場合、
ＤＢのテーブルに入っている方が共有しやすいです。
　またOracleやSQL Serverなら全文検索インデックスをかけ
ることができます。
　バックアップをとるときに、まとめてとれるので管理コス
トが少ないかも知れません。

デメリット：
　古いPostgreSQLなどでは１カラム・サイズに制限があった
気がするので、大きなテキストだと問題が出るかも知れませ
ん。
　オラクル等でも１レコードが大きくなると、検索効率が低下
します。

※とりあえず思いついただけ・・・