>>675
案の定VFR(可変フレームレート)っぽいから、CFR(固定フレームレート)化するために
  ファイル→環境設定→入力プラグインの設定→L-SMASH Works File Readerの設定
で、「VFR->CFR」にチェックを入れて右の数字を「60/1」にすれば音ズレはなくなると思う。
それで直らないなら知らん。
なお、この設定のままだと、L-SMASH Worksで読み込むファイルが全て60fps化されてしまうので、
本件の動画の編集・出力が終わったら「VFR->CFR」のチェックは外しておくこと。

本体0.99mは古いから1.00に置き換えたほうがいいと思うけど、
L-SMASH Works r790はPOP氏ビルドの最新だし、そのままでもいいと思うよ。
他のところからr804を持ってきてもいいけど、あまり変わらないと思う。