リサイズで縮小する場合は上
反対に拡大する場合は一番最後でもいいくらいかな
効果というより処理の負担を考えたら自然とそうなるっていうか

ただ自分の場合480pを720pにアプコンしたい場合
いったん360pに縮小してやってから最後にNNEDI3で倍の解像度でアプコンしたりもする
輪郭のザラザラがNNEDI3だと綺麗に取れてしまうから重宝してる
縦横とも倍の解像度でしかアプコン使えないから不自由だけどアプコンの綺麗さと特筆もの