>>118、119さん AviUtlのまっさらな状態(ダウンロードし直しました。)
を別フォルダで作って、拡張編集をいれましてプラグイン諸々いれて 新規押してRoot押すと直りました！
この件につきまして感謝します。ありがとうございます。

ここでわかったことが Sceneが出ないほうのAviUtlは pluginフォルダに
拡張編集が入っていました。さらにexeの入ったフォルダがドキュメントにありました。
新しく入れ直したほうはデスクトップでpluginフォルダを作らずに
AviUtl.exeがあるところに解凍したのをそのままいれたら出るようになりました。

ドキュメントに入れたことだとか pluginフォルダに拡張編集いれていたのが
問題だったのでしょうかね。
いずれもバージョンは AviUtlが 1.00 拡張編集が0.92です。