>>298 >>299
回答ありがとうございます
どちらも試してみましたが、解決には至りませんでした
DirectShowFileReaderを入れた場合も症状は変化せず、優先順位を上げると動作不良を起こしました

試しにですが、ロイロではなくAmaRecCoを使用して同じものを撮影してみました
ファイルは同じAVIですが、こちらの場合での情報の違いは
1920x1080 24Bit Motion JPEG　　　　 　→　1920x1080 32Bit AMV2 MT Codec
PCM 48.00kHz 16Bit 2ch 1536.00kb/s　→　PCM 48.00kHz 24Bit 2ch 2304.00kb/s
474.232sec / 6,517,360,640Bytes　　　　 →　471.699sec / 26,017,505,280Bytes

右がAmaRecCoで撮影した動画の情報です
こちらでは拡張編集に入れても、exoファイルとしても音ズレは発生しませんでした

どうやらAviUtlでは 24Bit Motion JPEG との相性が悪いようです
もしくは映像を処理する際の情報量が足りていないのもしれません

別なキャプチャソフトを探してみることにします
ありがとうございました