>>81
メディアオブジェクトでは特に起きてなかったけど、
うちでもAviUtl 0.99k2＋拡張編集0.90a3の組み合わせで、
　　「左上のシーン選択の一覧を出した状態でシーンのボタンを押すと
　　　"フィルタのON/OFF切替、"設定を初期値に戻す"のメニューが出る」
という症状が出てた。でもAviUtl本体を0.99lにしたら出なくなった。
0.99lの変更履歴に
　　・設定ウィンドウの右クリックメニューが不要なフィルタでは表示しないようにした。
というのがあるからそれじゃないかな。
ということで、本体を0.99lにすれば解決するのではないかと。