>>791
もしかして、拡張編集で作った映像全体に手描き風エフェクトをかけようとしている?
本来ならスレ違いなんだけど一応拡張編集とも関係してるかもしれないので回答してみる。

1.拡張編集タイムラインではなく、AviUtl本体に動画ファイルを読み込んでから、
  手描き風エフェクトフィルタの設定画面右上のチェックを入れてフィルタを有効にしてみたらどうなる?
     →何も変化がない場合・・・導入が間違っているのでもう一度readmeをよく読んでみよう。
     →ちゃんと手描き風エフェクトがかかる場合・・・2へ

2.「メニュー→設定→フィルタ順序の設定→ビデオフィルタ順序の設定」を開き、
  「拡張編集」を「手描き風エフェクト」よりも上にする。

こうすれば、拡張編集で作った映像にもちゃんと手描き風エフェクトがかかるようになる。