>>642
＞長時間動画の途中(いらない部分を分割->削除)から表示した場合に現象が出やすいようです。

うーん・・・フェードやワイプは関係なくて、分割した部分の冒頭がうまくデコードできていないことがある・・・のかな。
入力プラグインのせいかどうかは結局よくわからないけど、L-SMASH Worksの最新版（今だとr278）を使っても
問題が起きるようであれば、ファイルとの相性とかそういうものかもしれない。

>>643の方法でMPEG-2 VIDEO File Readerで読み込ませてみる方法もあるけど、
やっぱりMPEGのまま編集するのはあまりお勧めできない。

>>637に書いたとおり、一度AVIに変換してから編集したほうがいいと思う。
コーデックはUtVideoを使うのが理想だけど、ファイルサイズを大きくしたくないならDivXかな。
そのサイズならHome Theater プロフィールで１−パスのビットレート4000くらいにしとけば
ファイルサイズも400MB弱になるし画質も大して劣化しないと思う。