>>313
主に効果の範囲が違う。
「フィルタ効果の追加」は真上のレイヤー１つにあるオブジェクトを対象としてフィルタ効果を適用するオブジェクトで、
設定ダイアログで追加出来るフィルタ効果とほぼ同じ。
主に同じレイヤー上にある複数のオブジェクトに、同じ設定のフィルタ効果を纏めて掛ける時に使う。

「フィルタオブジェクト」は基本的に画面全体に掛けるフィルタ効果で、本体に読み込んだ動画と上にあるレイヤー全てが対象。
もっと詳しく言えば、「上にあるレイヤーで構成された出力イメージ」に掛かる効果。場合によってはフィルタ効果の追加と違う結果になる。

分かりやすい例だと、拡大した画像でのモザイクの掛かり方とか。

詳しくはやってみるなり、>>1の「VIPで初心者がゲーム実況するには@ Wiki 」を見るといい。