総合質問スレから回答をコピペ。
普通に灰色のラインの位置が変わるけどなあ。灰色の線の後ろに新しいオブジェクトを作ってみてもダメ？
抜けてるとこがあったら誰かフォローを。

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AviUtl本体に動画を読み込んで作業しているか、AviUtl本体側でカット作業を行なったのが原因ですね。

AviUtl本体メニューで「その他→ファイル情報」を開く

　→「ファイル制御」が「拡張編集 File Reader」になっている場合
　　　　・拡張編集タイムラインから「新規プロジェクトの作成」で作業を始めましたね。正解です。
　　　　・拡張編集タイムラインのオブジェクト配置にあわせて動画の長さが自動的に変わるようになっています。
　　　　・拡張編集タイムライン上で適当なメディアオブジェクトを
　　　　　灰色のラインより後ろに動かせば自動的に灰色のラインが動き
　　　　　後ろのほうも再生できるようになります。

　→「ファイル制御」が「拡張編集 File Reader」になっていない場合
　　　　・AviUtl本体に動画を読み込んだ上で、拡張編集で色々重ねていますね。
　　　　　不正解とは言いませんが、便利さに欠ける方法です。
　　　　・本体に読み込んだ動画の長さが動画の長さになります。
　　　　　灰色の線は本体に読み込んだ動画の終了位置を表しています。
　　　　　それ以上後ろにあるものは再生できません。
　　　　・全てを拡張編集上で行なう方式への移行をお勧めします。
　　　　　　　１．念のため、いったん今のプロジェクトを保存しておく。
　　　　　　　２．拡張編集タイムライン上で右クリックメニューから　
　　　　　　　　　「ファイル→オブジェクトファイルのエクスポート」を実行し
　　　　　　　　　適当なフォルダにexoファイルとして保存する。
　　　　　　　３．AviUtlを再起動し、拡張編集タイムライン上に、「AviUtl本体に読み込んでいた動画」を
　　　　　　　　　ドラッグ＆ドロップ。「新規プロジェクトの作成」のダイアログが出たら
　　　　　　　　　「読み込むファイルにあわせる」にチェックを入れ、OKを押す。
　　　　　　　４．拡張編集タイムライン上で右クリックメニューから
　　　　　　　　　「ファイル→オブジェクトファイルのインポート」を実行し、
　　　　　　　　　上の２で保存したexoファイルを開く。
　　　　　　　５．オブジェクトの位置などを調整し、新たなAviUtlプロジェクトとして保存する。