拡張編集のタイムライン-レイヤに載せた動画オブジェクトは 本体の範囲指定で 削除、切り出しはできないよ。
いったん avi中間ファイルで出力して それを aviutl本体に読み込んで 範囲指定して 削除なり切り出す。
それでまた 拡張編集に渡す。

もしくは 動画オブジェクトを中間点で区切って オブジェクトを切断し 不要なオブジェクトを削除し
残ったオブジェクトの再生開始位置を修正する。切断する前のオブジェクトを下の使ってないレイヤに
事前にコピーしとけば 再生位置がつかめるでしょ．