今ちゃんとDirectShowを調べたらMPEG4になってるメディアを再生してるフィルタは
ffdshowじゃなくてXvidだった。Xvidがこのフォーマットを扱えるらしい

純正Xvidでなく、ffdshowで、Other MPEG4のところを「Xvid」に設定すると
ffdshowでも再生できる模様