返信どうもです。

>FTPクライアントごとに使用率を注意してみます。

何か分かったら書いてみてください。

>先述の通りのマシンなので100%にはならないですけれども

正直、少し読みとれないのですが
CPU使用率が100%にならないというのは、デュアルだからと言うことでしょうか。
どちらか片方のCPUが100%になっていると言うことはないですか。

>複数ファイルの転送に関しては計ったことありません。

これに関しては、コマンドのコネクションと転送のコネクションの同期で
かなり差が出てくるところだとは思いますが…
少なくとも、今回の純粋な転送速度の差には関係ないですね。