一番大きいだろう原因は保護モード。
Flash（というかNPAPI）の保護モードは糞。しかも64bit版の場合はFirefoxが
わざわざ小細工する必要があって32bit版より酷くなってる。

一方IE用には保護モード自体がありません。

FirefoxとFlashで問題起きてる人は以下を試しましょう。
・64bit版を使っているなら32bit版にする
・保護モードをOFFにする
・Flashの非同期描画をON/OFFする
・Flash/FirefoxのHWAをON/OFFする

これで8割程度は改善します。

>>883
Flashで64bit版が32bit版より重くなるのは仕組み的な問題なので改善はされません。
そもそもFlashがオワコンであり年末にはサポート終了予定です。