Adblock Plusを導入して調べてきました…
ホワイトリストの設定方法によって色々な可能性がありそう
例えばttp://www.yahoo.co.jp/にアクセスして、
1.Adblock Plusのアイコンから「yahoo.co.jpで無効」だけにチェックを入れた場合、ホワイトリストに
　@@||yahoo.co.jp^$document　が追加されて、yahoo.co.jpで全てのフィルタが無効になる
2.「このページのみで無効」だけにチェックを入れた場合、ホワイトリストに
　@@|http://www.yahoo.co.jp/|$document　が追加されて、www.yahoo.co.jpではフィルタが無効になるが、news.yahoo.co.jpなどではフィルタは有効のまま
3.ホワイトリストを手動で登録

広告ブロックが有効になる理由として考えられるのは
a.ホワイトリスト登録を上記2の方法で行い、www.yahoo.co.jp以外のページで広告がブロックされている
b.ホワイトリストを手動で設定したが、「$document」が抜けているなど構文が正しくない(@@||yahoo.co.jp とか)
　この場合には320の理由で広告が表示される
c.ブラウザやAdblock Plusのバグなど、ホワイトリストの設定以外の原因で広告がブロックされたままになっている

とかかな
上記1の方法で設定して、フィルタが無効にならないならcの可能性が高い?
ホワイトリストの内容と広告がブロックされたままのページについて情報があれば原因がわかるかも
環境:Firefox 50.1.0, Adblock Plus 2.8.2