試しに古いHTTPS Everywhere 5.2.1をインストールしてみたところ、
Yahoo.co.jpのルールは入っていて、デフォルトで有効になっていました。
でも、知恵袋の表示は問題なし。

HTTPS Everywhereは5.2.2から作りが変わったようで、
以前はフォルダの中にいくつものファイルがインストールされていたのが、
今はシンプルにxpiファイル一つになっています。
そのあたりに原因があるのかもしれませんね。
参考までに。