問題はここから。
端的に言えば、既に検証していた結果と違う結果になってしまった。
使用ディスクのパーティションは同じ、最初は TI がインストールされてない状態の XP から。

1. それぞれのパーティションに TrueCrypt のコンテナを作成、CDブートの TI で完全バックアップ
→問題無し

2. XP上の TrueCrypt でコンテナをマウントし、内容を更新、CDブートの TI で増分バックアップ
→差分検出されず

3. XP に TI11 をインストール、コンテナには触らず CDブートの TI で増分バックアップ
→差分検出されず

4. XP上の TrueCrypt でコンテナをマウントし、内容を更新、CDブートの TI で増分バックアップ
→差分検出されず（以前の検証時には問題無かったはず）

5. XP上の TI で増分バックアップ
→差分検出されず

6. XP上の TrueCrypt でコンテナをマウントし、内容を更新、そのまま XP上の TI で増分バックアップ
→差分検出されず（やっぱりおかしい！）

ひとまずこんな感じで、差分が検出できなくなってしまった。
前に検証した時は TI9 の頃で、今メインに使ってるのは TI2010 なんだけど、TI2010 環境では TrueCryptコンテナの差分も取れてる。
どこかに手違いがあるのかもしれないので、そのうちまた再テストする。