>>327の書き込み通り、(profile)/chrome/uAutoPagerize.uc.js の
1357-1358行目を下記を参考に書き換えるだけでuserChrome版uAPが動作した。
https://github.com/ardiman/userChrome.js/commit/5956ddc396a46010ea7fd3cea9fda1f82b31ee7b#diff-5578af145d37f2c711e9e0c86ae79af0L1357

Grieverさんのブログの書きっぷりからすると、
将来的にはe10sによってuserChrome版は動かなくなるように読み取れるけど、
2行書き換えるだけの小手先の対応はいつまで有効なのだろうか？
http://d.hatena.ne.jp/Griever/20160402/1459598443