上のは参考用にグーグルで拾っただけの画像なので
黒のスキンでいいということならこの辺に一杯あるよ
http://www.deviantart.com/browse/all/customization/skins/media/foobar2000/?order=9&;offset=13

あとfoobar2000 skin black で画像検索すると黒いテーマどっさり出るから
パネル配置だとか色々参考になるかも

透明化ってもしかしてアプリ右上の閉じるや最小化のボタンの見え方を
綺麗にしたいとかなのかな？もしその辺のパーツだとすると
foobarじゃなくてwindows側のテーマ色になるのでまたちょっと変わってくるね