foobar2000 1.3.10
Super Audio CD Decoder 0.9.4
ASIO Proxy (foo_dsd_asio) 0.8.3

自分の環境(UDA-1)では、上記よりバージョンを上げると
PCM→DSD変換で音は出るがDSDネイティブの音が出なくなるので
これで運用しています

PCM→DSD変換にはResampler (SoX) mod2でを3個かけて32倍アップサンプリングし
foo_dsd_asioでDSD256に変換して再生しています

質問ですが、PC負荷時でなくても出る再現性のあるプチプチしたノイズが出ます
ttp://erijapan.blog93.fc2.com/blog-entry-121.html

↑を参考に、アップサンプリングにより波形のピークが補間されてクリッピングを起こしたのかなと
試しにHard -6dB limmiterをかけてみたらノイズが出なくなりました
TruePeakというもののようですが、この認識で合っているでしょうか?