429と若干かぶるんですが、JoyToKeyでPCSX2のショートカットキーをコントローラに割り当てられませんか？
例えば右スティックを押してる間だけL1L2R1R2がTab、F1、F2、F3になる　みたいな。
メモ帳とか普通のWindowsアプリ上では正常に動作してくれるのにPCSX2にフォーカスすると効かなくなる。