Operating System: Windows 7 Ultimate 64-bit (6.1, Build 7601) Service Pack 1 (7601.win7sp1_gdr.150928-1507)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-4790S CPU @ 3.20GHz (4 CPUs), ~3.2GHz
Memory: 16384MB RAM
Card name: NVIDIA GeForce GT 740　GDDR5
Disk: INTEL SSDSC2BW480A4
PCSX2 1.3.1-20151027150140
MSVC 1800,AVX
Internal Resolution 2x
Extra rendering threads 3
スピードハック： プリセット2　MTVUチェック済み
H/Tオフ

もう1ヶ月試行錯誤したが解決しないので、誰か相談に乗ってください。
ゲーム中、不定期に0.5秒程度引っかかるというか、カク付く現象がどうしても直りません。
isoをWD製HDDに置くと云々という話がありますが、isoファイルは内蔵SSDにしか置いていません。
カク付きが起こると、BGMや台詞や効果音も映像に合わせてカク付き、fpsが52程度まで下がります。
例として今スパロボZで色々試してますが、マップ画面上ではfps60、EE35%程度、GS20程度、VU30%を維持していますが、
カク付きが起こるとfpsが52程度まで下がり、EE、GS、VUも半分以下の数値まで下がります。
GPU-Zで普段のGPU Loadを見ていても、せいぜい高くて50%というところで、これはカク付きが起きても特に数値の変動は無いです。
タスクマネージャのパフォーマンスの波線も特に変わりは無いように見えます。

何が原因で起きているか、わかりませんか？