壊れたら元も子もない用途には使えないね。
隠し領域のクラスタフラグを「不良セクタ」にすればいいんじゃね？

いまどき、不良セクタのフラグが付いてるHDDなんて珍しいけど、
空き容量だけ目減りして、自分で上書きしちゃう凡ミスは無くせるね。

ただし、不良セクタのフラグを意図的に付けることの出来るツールなんて
見たことないや。見つけた人いたら教えてくれないか。

フロッピーの時代なら、たしかFATテーブルが0xFFが空き領域で、0xFEが不良セクタだった。
手動で0xFEにマーキングして、そのセクタに特殊フォーマットをかけてプロテクトの判定素材として
使ったことがあった。