Playerを複数起動するやつが意外と多いもんだから
preferences.iniの整合性の問題を出来るだけ避けるために、
終了時に窓位置を保存しなくなったり、
仮想マシンの終了時に選択画面に戻らなくしたりしてるんだと思う

作り方次第でみんなが納得のいく対応も出来るだろうけど、そこは手抜きだね