chrome://pluginsで常に実行を許可するのチェック外してみるとか
ただニコニコはクリックで再生する仕様だから二度クリックすることになるかもしれない
気にしたことないから意味がないかもしれない試してみてくれ
あとyoutubeはChromium系だとHTML5のプレイヤー使うからMagic Actions For Youtube入れないとFlashプレイヤーにならないと思う