自分で設定ファイルを上書きしない限り上書きなんて絶対にされない
と言うかPortable版をアップデートする際は必要なファイルを選択して必ず自分で上書きしないといけない
アップデートの上書きをインストーラーが勝手にやってくれるのはインストール版のメリット
管理をまじめにしたいとかChromium系を複数併用したいとかじゃないならインストール版の方が楽だぞ