fb2kに限らず、Windowsでプログラムフォルダにそのままぶち込んでまともに動くソフトなんてほとんどないぞ
本来インストーラがレジストリやら何やらに書き込む情報が存在しないんだから

インストーラから普通にインストールした後で
C:\Users\（アカウント名）\AppData\Roaming\foobar2000
の中身を移植すれば引き継げるはず