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YUV 映像なら colorkey だった。 maskedmerge ではなく透過して overlay する方法でうまくいった
残す色を chromakey で透過して、それ以外を lutyuv=255:128:128 で白くし、overlay することで白と透過部分が透けて透過部分に元映像が映る
ffplay -f lavfi -i smptebars -vf split[0][1];[0]chromakey=0x0000bd:.03:.1,lutyuv=255:128:128[mask];[1][mask]overlay
ffmpeg -f lavfi -i smptebars=d=1 -vf split[0][1];[0]chromakey=0x0000bd:.03:.1,lutyuv=255:128:128[mask];[1][mask]overlay ouput.mp4