うーん、どうしても自分で見つけられない。

昔撮り貯めたテレビ録画をMPEG2TSからH.264に変換しようと思うのだが、録画の最初の数秒だけが720x480で本編が1280x720とかなってるのをそのままエンコードすると動画全体が720x480とされてしまう。
じゃあその数秒をトリムしちゃえばよいかと思って、ffmpeg -ss 5 -iとかやって本編だけにしてもやっぱり最初の720x480が優先されてしまう。
どうすればffmpegだけで自動的にトリムして本編の解像度でエンコできるのか。かなりたくさんあるので自動化したいのです。いい知恵ありませんか？